ระบบการเล่นของ ไฟนอลแฟนตาซี แทกติกส์ ภาคนี้จะแตกต่างจากเกม ไฟนอลแฟนตาซี ทั่วๆ ไป โดยเฉพาะในฉากต่อสู้ ในฉากตัวละครของฝ่ายเรากับฝ่ายศัตรูจะอยู่กันคนละฝั่ง และจะเดินไปหาฝ่ายตรงข้าม ความใกล้ไกลของระยะการเดิน ตลอดจนความเร็วในการที่จะได้เดินขึ้นอยู่กับความสามารถของตัวละครตัวนั้นๆ ทั้งจากความสามารถเฉพาะตัวและระบบอาชีพ การที่ตัวละครจะได้เดินใน 1 ครั้งนั้นขึ้นอยู่กับความเร็วในการสะสม CT เมื่อไรที่ Charge Time นั้นเต็ม ตัวละครก็พร้อมที่จะออกคำสั่งได้ ทุกๆ ครั้งที่ตัวละครกระทำการใดๆ ก็ตาม ตัวละครตัวนั้นจะได้รับค่าประสบการณ์ (EXP) และค่าอาชีพ (JP)

ภาพตัวอย่างจากเกม บริเวณสีฟ้าคือส่วนที่พ่อมดสามารถเดินไปได้
ในฉากต่อสู้ ผู้เล่นจะต้องมีระบบการวางแผนที่ดี วางลำดับในการกำจัดศัตรูและปกป้องพวกพ้อง การโจมตีทางกายภาพส่วนมากจะมีผลเฉพาะตัวในระยะสั้นๆ ส่วนการใช้เวทมนตร์โจมตีส่วนมากจะมีผลในระยะไกล และโจมตีศัตรูได้พร้อมกันหลายๆ ตัวได้ แต่ว่าการจะใช้เวทมนตร์นั้นจะต้องมีการชาร์จเวลา (ท่องมนตร์) ก่อนที่คาถาจะสัมฤทธิ์ผล ในระหว่างนี้ตัวละครนั้นจะกระทำการอื่นใดอีกไม่ได้นอกจากการเดิน และจกตกเป็นเป้าโจมตีได้ง่ายเพราะค่าการป้องกันและเครื่องป้องกันต่างๆ จะไม่มีผลเต็มที่ในเวลาท่องคาถานี้ การขึ้นไปอยู่บนหน้าผาหรือที่สูงจะทำให้บางอาชีพเช่นนักยิงธนูได้เปรียบเพราะสามารถโจมตีลงมาจากระยะไกลได้ นอกจากนี้แล้วการโจมตีศัตรูที่มีจักรราศีเป็นคุณ-โทษต่อกันก็ยังมีผลต่อความรุนแรงในการโจมตีหรือรักษา สรุปคือทุกสิ่งทุกอย่างเป็นผลลัพธ์ซึ่งกันทั้งสิ้น

ข้อแตกต่างอีกอย่างของเกมนี้ก็คือระบบการสุ่มในการเจอศัตรู โดยทั่วไปในเกมไฟนอลแฟนตาซีภาคอื่นๆ นั้น เราจะพบศัตรูโดยการสุ่มแบบไม่รู้ตัว แต่ในเกมภาคนี้ ศัตรูจะปรากฏตัวเฉพาะในฉากที่กำหนดเท่านั้น คือจุดที่เป็นสีเขียวบนแผนที่ ศัตรูในฉากที่สุ่มออกมานั้นจะมีระดับ (Level) เดียวกับตัวละครของเรา (เหมือนกับในเกม ไฟนอลแฟนตาซี VIII) ในขณะที่ศัตรูตามเนื้อเรื่องจะถูกกำหนดระดับมาอย่างแน่นอนแล้ว เพราะฉะนั้นระดับประสบการณ์ที่สูงจึงจำเป็นสำหรับตัวละครในการต่อสู้กับศัตรูเหล่านี้ อาวุธและเครื่องป้องกันจะต้องมีประสิทธิภาพมากพอที่จะทำลายล้างหรือป้องกันด้วย

การเคลื่อนที่บนแผนที่ถูกจำกัดด้วยเนื้อเรื่องและเมืองที่ยังไม่ผ่านไป ฉากต่อสู้ก็สามารถเกิดขึ้นในเมืองต่างๆ ได้ตามเนื้อเรื่อง แต่หลังจากนั้นเมืองใดๆ ก็ตามจะไม่ถูกพบในฐานะฉากต่อสู้อีก ในเมืองเราสามารถฟังเรื่องราวต่างๆ ได้ใน "บาร์" ซื้อของได้ในร้านค้า และหาตัวละครเข้าร่วมทีมจากค่ายทหาร ในช่วงท้ายของเกม บางเมืองจะมีที่แปรหนังสัตว์ คือสามารถเปลี่ยนแปลงหนังสัตว์ที่เราเก็บมาได้ให้เป็นสิ่งของ มีอะไรให้ทำน้อยมากในฉากแผนที่ เพราะเนื้อเรื่องทั้งหมดอยู่ในฉาก