การเพิ่มระดับเครื่องมือในเกม Harvest Moon: Back to Nature สามารถทำได้โดยผู้เล่นต้องถือ เครื่องมือที่ต้องการอัปเกรด พร้อมกับ แร่ที่ใช้เป็นวัตถุดิบ ใส่ไว้ในช่องใช้งานของกระเป๋า (ช่องแรกสุด) จากนั้นเดินไปพูดคุยกับ ไซบาร่า (Saibara) ช่างตีเหล็กประจำหมู่บ้าน และเลือกตัวเลือกแรกเพื่อสั่งอัปเกรดเครื่องมือ

ไซบาร่าจะรับเครื่องมือไปดำเนินการ ซึ่งการอัปเกรดแต่ละครั้งจะใช้เวลาทั้งหมด 3 วัน เมื่อครบกำหนด ผู้เล่นสามารถกลับมารับเครื่องมือที่ได้รับการเพิ่มระดับแล้วได้ทันที

ระดับของเครื่องมือที่สูงขึ้นจำเป็นต้องใช้แร่ที่แตกต่างกัน พร้อมค่าใช้จ่ายและค่าประสบการณ์ของเครื่องมือที่เพิ่มขึ้นตามลำดับ ได้แก่

• ระดับ 2 ใช้แร่ทองแดง (Copper Ore) ค่าบริการ 1,000G ได้รับค่าประสบการณ์เครื่องมือ 100%

• ระดับ 3 ใช้แร่เงิน (Silver Ore) ค่าบริการ 2,000G ได้รับค่าประสบการณ์เครื่องมือ 200%

• ระดับ 4 ใช้แร่ทองคำ (Gold Ore) ค่าบริการ 3,000G ได้รับค่าประสบการณ์เครื่องมือ 300%

• ระดับ 5 ใช้แร่มิสทริล (Mystrile) ค่าบริการ 5,000G ได้รับค่าประสบการณ์เครื่องมือ 400%

สีของแร่สามารถสังเกตได้ง่าย ได้แก่ แร่ทองแดงสีแดง แร่เงินสีเงิน แร่ทองคำสีเหลืองทอง และแร่มิสทริลสีฟ้า การอัปเกรดเครื่องมือถือเป็นหัวใจสำคัญในการพัฒนาฟาร์ม เพราะช่วยให้การทำงานรวดเร็วและมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น