ในเกม Harvest Moon: Back to Nature จะมีเหมืองแร่ทั้งหมด 2 แห่ง โดยเหมืองแรกตั้งอยู่หลังน้ำตกใกล้บ่อน้ำพุร้อน ผู้เล่นสามารถเข้าไปใช้บริการได้ตลอดทั้งปี ภายในเหมืองแห่งนี้จะมีแร่สำคัญที่จำเป็นต่อการอัปเกรดเครื่องมือทุกชนิดของฟาร์ม

ส่วนเหมืองอีกแห่งหนึ่งคือเหมืองกลางทะเลสาบ ซึ่งตั้งอยู่บนภูเขาด้านบน ผู้เล่นจะสามารถเข้าไปได้เฉพาะในฤดูหนาวเท่านั้น เนื่องจากผิวน้ำของทะเลสาบจะกลายเป็นน้ำแข็งจนสามารถเดินข้ามเข้าไปได้ ภายในเหมืองแห่งนี้จะมีแร่พิเศษที่ใช้สำหรับสร้างเครื่องประดับ รวมถึงเครื่องแปรรูปผลผลิตจากสัตว์ต่าง ๆ

หากผู้เล่นซื้อตะกร้าจากร้านค้าในเมืองแล้ว สามารถนำติดตัวเข้าเหมืองเพื่อใช้เก็บแร่จำนวนมากในรอบเดียว และนำออกไปขายภายหลังได้อย่างสะดวก

เหมืองทั้งสองแห่งมีความลึกทั้งหมด 10 ชั้น โดยเหมืองหลังน้ำตกไม่มีจุดพิเศษเพิ่มเติม แต่สำหรับเหมืองกลางทะเลสาบ ชั้นที่ 10 จะมีบ่อน้ำซ่อนอยู่ ซึ่งผู้เล่นสามารถใช้เป็นจุดตกปลาในตำนานได้

นอกจากนี้ ภายในเหมืองทั้งสองแห่งยังมี Power Berry ซ่อนอยู่แห่งละ 1 ผล ซึ่งสามารถสุ่มขุดพบได้ไม่ยากนัก ช่วยเพิ่มพลังความอึดให้กับตัวละครของผู้เล่น

 เหมืองหลังน้ำตก

 เหมืองกลางทะเลสาบ