Chocobo's Dungeon 2 นั้นมีความน่าสนใจและเต็มไปด้วยความอบอุ่นในแบบของโลกที่มี Chocobo เป็นตัวละครหลัก โดยเนื้อเรื่องหลักของเกมเกี่ยวกับการผจญภัยของ Chocobo ที่ต้องช่วยเหลือโลกของเขาและเพื่อนๆ จากภัยคุกคามที่เกิดขึ้นในดันเจี้ยนที่เต็มไปด้วยปริศนาและศัตรู  Chocobo  ตัวเอกของเรื่องตื่นขึ้นมาบนเกาะที่ถูกปกคลุมไปด้วยหมอกและความลึกลับ โดยไม่จำความจำได้เกี่ยวกับตัวเองเลย เมื่อเขาตื่นขึ้นมา เขาพบว่าตัวเองถูกพาไปที่ "Dungeon" ซึ่งมีความลึกลับที่รอการไขปริศนาอยู่ ระหว่างการเดินทางในดันเจี้ยน Chocobo ได้พบกับเพื่อนใหม่ที่เป็นตัวละครหลักในเกม คือ Cid, นักวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาและค้นหาปริศนาเกี่ยวกับ "Memory" (ความจำ) ของ Chocobo และการค้นหาความลับของดันเจี้ยน ทั้งนี้ Cid และ Chocobo จะต้องเผชิญกับอันตรายที่มีในดันเจี้ยนในทุกๆ ชั้น พร้อมทั้งต้องจัดการกับศัตรูที่มาจากทั้งภายนอกและภายในโลกของ Chocobo เอง