การระบาดของไวรัสบนเรือโดยสารสุดหรู องค์กรใต้ดินที่จัดตั้งขึ้นเพื่อยุติการดำเนินงานทั่วโลกของ อัมเบรลล่า ซึ่งเป็นบริษัทที่รับผิดชอบต่อภัยพิบัติ Raccoon City และ ลีออน เอส. เคนเนดี หนึ่งในตัวละครเอกของ Resident Evil 2 ได้เข้าร่วมการโครงการริเริ่มและได้รับคำสั่งให้ตรวจสอบเรือเดินสมุทร Starlight ซึ่งมีข่าวลือว่าบรรทุกอาวุธชีวะอินทรีย์ (BOW) ชนิดใหม่ที่พัฒนาโดย อัมเบรลล่า Corporation ในที่สุด สำนักงานใหญ่ก็ขาดการติดต่อกับเขา และแบร์รี่ เบอร์ตัน ตัวละครสนับสนุน จาก Resident Evil ดั้งเดิมถูกส่งเข้าไปเพื่อค้นหาเบาะแสของเขา

หลังจากพบว่าลูกเรือและผู้โดยสารบนเรือกลายเป็นซอมบี้ เขาข้ามเส้นทางกับเด็กสาวกำพร้า ชื่อลูเซีย ซึ่งด้วยเหตุผลบางประการ เขาสัมผัสได้ถึงการมีอยู่ของคันธนูใหม่ของ อัมเบรลล่า และยังครอบครอง ความสามารถลึกลับอื่น ๆ จาก นั้นลูเซียก็ถูกสัตว์ประหลาดลักพาตัวไป แต่ในที่สุดแบร์รี่ก็กลับมารวมตัวกับลีออนอีกครั้ง และพวกเขาร่วมมือกันเพื่อให้โบว์หนีไปและช่วยเธอ กลุ่มรู้ว่าสัตว์ประหลาดควรจะมีเลือดสีเขียว และหลังจากนั้น พบเห็นการระเบิดที่จุดไฟเผาเรือ พวกเขาแยกทางกัน ลีออนกับลูเซียเปิดระบบสปริงเกลอร์เพื่อป้องกันไม่ให้ห้องเครื่องระเบิด ต่อมาทั้งสองได้ยิน แบร์รี เบอร์ตัน สื่อสารกับ อัมเบรลล่า เพื่อเตรียมการแลกเปลี่ยนบางอย่าง ความสงสัยของพวกเขาได้รับการยืนยันเมื่อพบเขาอีกครั้ง แบร์รี เบอร์ตัน ขู่ ลีออน ด้วยปืนของเขา ลักพาตัว Lucia และหนีไปที่เรือดำน้ำ อัมเบรลล่า กับเธอ ในขณะเดียวกัน เกิดระเบิดครั้งที่สองที่ Starlight และ ลีออน เดินไปที่ห้องเครื่องเพื่อตรวจสอบที่มา เขาพบว่า BOW ทำลายตัวแปลงเชื้อเพลิงเพื่อพยายามระเบิดเรือและทำลายหลักฐานทั้งหมด เขาต่อสู้กับมันได้สำเร็จ แต่ความเสียหายที่เกิดขึ้นกับเรือนั้นรุนแรงเกินไป
จากนั้นฉากก็เปลี่ยนไปที่เรือดำน้ำ ซึ่งแบร์รี่เปิดเผยกับกัปตันว่าเขาแสร้งทำเป็นลักพาตัวลูเซียเพื่อหลอกให้อัมเบรลล่าอพยพพวกเขาออกจากสตาร์ไลท์ นอกจาก นี้เขายังได้รู้ว่าบริษัทไม่รู้อะไรเลยเกี่ยวกับ BOW on the Starlight และต้องการตัว Lucia เนื่องจากเธอเป็นโฮสต์ของปรสิต ซึ่งจะเติบโตเป็น BOW อีกตัวภายในสิบวัน แบร์รี่บังคับให้ศัลยแพทย์บนเรือนำปรสิตออกจากเด็กหญิง แต่มันหลุดออกจากกระจกกักกันและดูดเอาชีวิตจากกัปตัน ทำให้เขากลายเป็นซอมบี้ ปรสิตหลบหนี ฆ่าลูกเรือทั้งหมด และในที่สุดก็กลายเป็น BOW ที่โตเต็มวัย แบร์รี่และลูเซียนำทางเรือดำน้ำกลับมาและขึ้นเรือที่ใกล้จะจมเพื่อช่วยลีออน แต่สัตว์ประหลาดที่โตเต็มวัยกลับนำหน้าพวกเขาไป แม้ว่าพวกเขาจะค้นพบสิ่งที่ดูเหมือนจะเป็นลีออนอย่างรวดเร็ว แต่ทั้งสองก็ค้นพบว่าคันธนูนั้นเป็นตัวจำแลงร่าง จริง ๆ และมันได้อยู่ในร่างของคู่หูของพวกเขา พวกเขาสามารถหลบหนีและพบลีออนอีกคนในห้องเครื่อง ทั้งสามกลับไปที่ดาดฟ้าด้วยกัน โดยที่ BOW ดึงลูเซียลงไปในทะเล แบร์รี่ช่วยเธอ แต่แล้วลูเซียอีกคนก็ปรากฏตัวขึ้นข้างหลังพวกเขา สาวตัวจริงคว้ามีดกรีดมือโชว์เลือดแดงฉานยืนยันตัวตน กลุ่มเอาชนะ BOW ในการต่อสู้ครั้งสุดท้ายและหนีไปที่เรือดำน้ำ ลูเซีย สูญเสียพลังลึกลับไปกับการสกัดของปรสิต ได้รับข้อเสนอให้อาศัยอยู่กับครอบครัวของแบร์รี่ ในช็อต สุดท้ายของเกม คอของลีออนมีเลือดสีเขียวไหลออกมา เผยให้เห็นว่าเขาไม่ใช่ลีออนตัวจริง แต่เป็นธนูคนแรกที่ปลอมตัวมา ซึ่งตอนนี้ลูเซียไม่สามารถสัมผัสได้