เกมเล่าเรื่องราวของ Ryu ตัวเอกที่เป็นหนึ่งใน "Dragon Clan" เผ่ามังกรซึ่งมีความสามารถในการแปลงร่างเป็นมังกรได้ เกมเริ่มต้นเมื่อ Ryu ฟักออกจากไข่มังกร และการผจญภัยของเขาก็เริ่มขึ้นเพื่อค้นหาความจริงเกี่ยวกับตัวตนของเขาและสิ่งที่เกิดขึ้นกับเผ่ามังกรในอดีต Breath of Fire III ยังคงรูปแบบการเล่น JRPG แบบดั้งเดิม ซึ่งผู้เล่นจะต้องสำรวจโลก ต่อสู้กับศัตรูในแบบ Turn-based และแก้ปริศนาภายในดันเจียน จุดเด่นของเกมคือระบบการแปลงร่างเป็นมังกรของ Ryu ซึ่งผู้เล่นสามารถผสม "ยีน" ของมังกรเข้าด้วยกันเพื่อสร้างร่างมังกรที่มีความสามารถหลากหลาย