เรื่องราวของ Jill Valentine หนึ่งในตัวละครหลักจากภาคแรกของซีรีส์ ที่กลับมามีบทบาทสำคัญอีกครั้ง หลังจากเหตุการณ์ใน Raccoon City ซึ่งตอนนี้เมืองนี้กำลังถูกทำลายโดยการระบาดของไวรัส T-Virus ที่ทำให้ผู้คนกลายเป็นซอมบี้และสิ่งมีชีวิตที่ผิดธรรมชาติ สิ่งที่ทำให้ Resident Evil 3 โดดเด่นคือการปรากฏตัวของ Nemesis, สัตว์ประหลาดที่ได้รับการดัดแปลงทางพันธุกรรมโดยองค์กร Umbrella ซึ่งมันถูกส่งมาไล่ล่า Jill Valentine โดยเฉพาะ Nemesis จะคอยติดตามและโจมตีเธอตลอดทั้งเกม ทำให้เกมนี้เต็มไปด้วยความตึงเครียดและความท้าทายในการหลบหนีจากศัตรู Jill ต้องเอาชีวิตรอดจากเมืองที่ถูกทำลาย และหาทางออกจากสถานการณ์ที่เลวร้ายไปเรื่อยๆ โดยเธอจะต้องต่อสู้กับศัตรูหลากหลายประเภท รวมถึงการหาทางที่จะหยุดยั้งแผนการของ Umbrella Corporation ที่เป็นต้นเหตุของเหตุการณ์นี้