ในเกมนี้ คุณจะพบกับการต่อสู้แบบสุ่ม (Random Encounters) ซึ่งสามารถเกิดขึ้นได้ทั้งในแผนที่โลก (Overworld) หรือในพื้นที่นอกเมือง เช่น ถ้ำและดันเจี้ยน การต่อสู้จะเป็นแบบผลัดกันเล่น (Turn-based) โดยคุณสามารถควบคุมทั้งการกระทำและการเคลื่อนไหวของตัวละครในสนามรบได้ ตัวละครแต่ละคนจะมีเทิร์นของตัวเอง และสามารถเคลื่อนที่ในพื้นที่ได้จำนวนช่องที่กำหนดในทิศทางทั้งสี่

เมื่อกดปุ่ม B จะมีเมนูคำสั่งปรากฏขึ้นบนหัวของตัวละคร คำสั่งที่สามารถใช้ได้มีดังนี้:

• Special (必): ใช้ทักษะพิเศษ
• Defend (防): ป้องกัน
• Item (道): ใช้ไอเทม
• Attack (攻): โจมตี

เพื่อยืนยันคำสั่งที่เลือก ให้กดปุ่ม A หากไม่เรียกเมนูคำสั่ง การกระทำเริ่มต้นจะเป็นการโจมตีเสมอ คุณไม่สามารถเคลื่อนที่ผ่านตัวละครอื่น ศัตรู หรือสิ่งกีดขวางในสนามได้ เมื่อทุกตัวละครในทีมของคุณเคลื่อนไหวเสร็จแล้ว จะเป็นเทิร์นของศัตรู

ในเกมนี้ การเสียพลังชีวิตจะถูกแสดงผ่านการลดจำนวน "หัวใจ" (Hearts) เนื่องจากค่าพลังชีวิต (HP) ของแต่ละคนมีตัวเลขสูง การใช้หัวใจจึงช่วยให้เข้าใจได้ง่ายขึ้น เมื่อหัวใจของคุณใกล้หมด ตัวละครจะเปลี่ยนสีเพื่อบ่งบอกสถานะ:

• ตัวละครกลายเป็น สีม่วง: เหลือ 2 หัวใจ
• ตัวละครกลายเป็น สีแดง: เหลือ 1 หัวใจ

หากหัวใจหมด ตัวละครนั้นจะพ่ายแพ้ในสนามรบ แต่อย่ากังวลไป เพราะหากชนะการต่อสู้ ตัวละครจะฟื้นคืนชีพ และคุณสามารถฟื้นฟูหัวใจได้ด้วยการใช้ยา (Medicine หรือ くすりびん)

ระหว่างการต่อสู้ อาจเกิดสถานะผิดปกติ (Status Ailments) ซึ่งจะแสดงผ่านสีของตัวละคร สถานะเหล่านี้สามารถรักษาได้ด้วยไอเทมเฉพาะ หรือบางสถานะจะหายไปเองเมื่อจบการต่อสู้ (ยกเว้นพิษ) รายละเอียดสถานะผิดปกติมีดังนี้:

• Freeze (สีฟ้า): ถูกแช่แข็ง ไม่สามารถกระทำใด ๆ ได้
• Petrify (สีเทา): กลายเป็นหิน ไม่สามารถกระทำใด ๆ ได้
• Poison (สีฟ้า): เสียหัวใจ 1 ดวงก่อนเริ่มเทิร์น
• Seal (ไม่มีสี): ไม่สามารถใช้ทักษะพิเศษในสนามรบ
• Sleep (สีเหลือง): ฟื้นฟูหัวใจ 1 ดวงก่อนเริ่มเทิร์น แต่ไม่สามารถกระทำใด ๆ ได้

หากเอาชนะศัตรูได้ ทีมของคุณจะได้รับค่าประสบการณ์ (EXP) และเงินในเกม (Zenny) พร้อมทั้งฟื้นฟูพลังชีวิตของทีมทั้งหมดทันทีโดยไม่ต้องเสียไอเทมนอกการต่อสู้ อย่างไรก็ตาม สถานะผิดปกติจะยังคงอยู่ คุณจึงต้องใช้ไอเทมรักษา หากทีมของคุณพ่ายแพ้ คุณจะถูกส่งกลับไปที่ Great Temple และสามารถวาร์ปกลับไปยังตำแหน่งก่อนหน้าได้ แต่จะต้องเสียเงินครึ่งหนึ่งของจำนวนเงินทั้งหมดที่คุณมี