Wild Arms 3 เกิดขึ้นในโลกที่ชื่อว่า Filgaia ซึ่งเป็นโลกที่มีอารยธรรมล่มสลายไปนานแล้ว และตอนนี้เหลือแค่ความว่างเปล่าและทะเลทรายเป็นส่วนใหญ่ โดยในโลกนี้ผู้คนต้องเผชิญกับภัยพิบัติและการแย่งชิงทรัพยากร เนื้อเรื่องหลักของเกมเกี่ยวข้องกับการค้นหาความลับของ The Cradle (ที่มาของพลังที่สามารถทำลายโลกได้) และ Seraphim (ผู้มีพลังลึกลับที่จะเป็นกุญแจสำคัญในการฟื้นฟูโลก) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการต่อสู้ของกลุ่มคนและองค์กรต่างๆ ที่ต้องการใช้พลังนี้เพื่อควบคุมโลก หรือเพื่อปกป้องมัน

Wild Arms 3 takes place in a world called Filgaia, a land where civilization has long since collapsed, leaving behind vast emptiness and deserts. In this world, people struggle to survive amidst disasters and the competition for dwindling resources. The main story of the game revolves around uncovering the secrets of The Cradle (the source of a power that could potentially destroy the world) and Seraphim (a mysterious being whose powers may hold the key to restoring the world). The plot involves the struggles of various groups and organizations vying to either use this power to control the world or to protect it.