Xenosaga Episode II ยังคงเป็นส่วนหนึ่งของเรื่องราวในโลกไซไฟที่ลึกซึ้งและซับซ้อน ซึ่งเกี่ยวข้องกับการต่อสู้ระหว่างมนุษย์, AI, และสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ โดยเฉพาะกับ "The Zohar" ซึ่งเป็นพลังลึกลับที่มีอิทธิพลต่อทุกสิ่งในจักรวาล เนื้อเรื่องของ Xenosaga Episode II เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ใน Episode I และยึดโฟกัสที่การพัฒนาและการค้นหาความจริงที่เกี่ยวข้องกับ "Gnosis" (สิ่งมีชีวิตประหลาดที่สามารถทำลายมนุษย์ได้) รวมถึงการค้นหาคำตอบเกี่ยวกับ "The Zohar" และ "U-TIC Organization" ซึ่งเป็นองค์กรที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์เหล่านี้