เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Ryudo ถูกว่าจ้างให้ปกป้อง Elena ในการเดินทางเพื่อตรวจสอบการกลับมาของเทพเจ้า Evil God ซึ่งเป็นสิ่งที่อาจทำลายโลกได้ ระหว่างทางพวกเขาได้พบกับตัวละครอื่นๆ เช่น Maya และ Sky ที่ช่วยเพิ่มสีสันให้กับการเดินทาง ทั้งยังมีการสำรวจธีมเกี่ยวกับการเลือกและการเสียสละ

Xenosaga Episode III เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ใน Episode II โดยยังคงดำเนินเรื่องในสภาพแวดล้อมที่เต็มไปด้วยความขัดแย้งระหว่างมนุษย์และสิ่งมีชีวิตจากต่างมิติ (เช่น Gnosis) และการเผชิญหน้ากับ The Zohar ซึ่งเป็นแหล่งพลังที่มหาศาลและมีบทบาทสำคัญต่อโลกของเกม Shion Uzuki และกลุ่มเพื่อนร่วมทีมของเธอเดินทางเพื่อเปิดเผยความจริงเบื้องหลัง Gnosis และ The Zohar พร้อมกับค้นหาวิธีที่จะหยุดยั้งการคุกคามของ Albedo และ U-TIC Organization ในขณะเดียวกัน ตัวละครใหม่ Ziggy และ MOMO ก็มีบทบาทสำคัญในการช่วยให้ตัวละครหลักค้นพบคำตอบที่ซ่อนอยู่ในประวัติศาสตร์และจักรวาล โดยการดำเนินเรื่องใน Episode III, ผู้เล่นจะได้รับรู้ถึงการต่อสู้ในระดับจิตวิญญาณและความหมายของการมีชีวิตอยู่ โดย KOS-MOS เป็นตัวละครที่มีการพัฒนาความรู้สึกและบทบาทสำคัญในเนื้อเรื่อง เพราะเธอเองก็มีความเชื่อมโยงกับ "The Zohar" และเป็นกุญแจสำคัญในการปิดฉากเหตุการณ์ทั้งหมด

Xenosaga Episode II ยังคงเป็นส่วนหนึ่งของเรื่องราวในโลกไซไฟที่ลึกซึ้งและซับซ้อน ซึ่งเกี่ยวข้องกับการต่อสู้ระหว่างมนุษย์, AI, และสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ โดยเฉพาะกับ "The Zohar" ซึ่งเป็นพลังลึกลับที่มีอิทธิพลต่อทุกสิ่งในจักรวาล เนื้อเรื่องของ Xenosaga Episode II เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ใน Episode I และยึดโฟกัสที่การพัฒนาและการค้นหาความจริงที่เกี่ยวข้องกับ "Gnosis" (สิ่งมีชีวิตประหลาดที่สามารถทำลายมนุษย์ได้) รวมถึงการค้นหาคำตอบเกี่ยวกับ "The Zohar" และ "U-TIC Organization" ซึ่งเป็นองค์กรที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์เหล่านี้

เรื่องราวเริ่มต้นด้วยการที่ Shion Uzuki และทีมงานของเธอถูกส่งไปค้นหาและปกป้อง "KOS-MOS" หุ่นยนต์ที่ถูกพัฒนาเพื่อการปกป้องมนุษยชาติจากภัยคุกคามที่มาจากกลุ่มศัตรูที่เรียกว่า "Gnosis" ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตจากต่างดาวที่ไม่สามารถสัมผัสได้โดยมนุษย์ธรรมดา ในระหว่างการเดินทาง, พวกเขาได้พบกับการต่อต้านจากองค์กรต่างๆ ที่มีเป้าหมายในการใช้เทคโนโลยีของหุ่นยนต์และการศึกษาจากการทดลองต่างๆ ที่อาจนำไปสู่การทำลายล้างมนุษยชาติ รวมถึงการพัฒนาของสิ่งที่เรียกว่า "Uroboros" และการก่อกำเนิดของมนุษย์กลายพันธุ์ นอกจากนี้ ยังมีการกล่าวถึงการเกิดขึ้นขององค์กรที่พยายามที่จะควบคุมจักรวาลในทางปรัชญา เช่นการใช้ศาสนาและความเชื่อในการควบคุมอนาคต โดยมีการตั้งคำถามเกี่ยวกับ "เจตจำนง" (Will) และ "ความหมาย" ของชีวิตในจักรวาลนี้