ติดตามการผจญภัยของ เอ็ดเวิร์ด เคนเวย์ (Edward Kenway) ชายหนุ่มผู้เป็นโจรสลัดที่ได้กลายเป็นสมาชิกของกลุ่ม Assassins โดยไม่ได้ตั้งใจ เนื้อเรื่องเริ่มต้นด้วยการที่เอ็ดเวิร์ดเข้าร่วมกลุ่มโจรสลัดและต้องการหาทรัพย์สมบัติมากมายเพื่อเสริมสร้างชีวิตที่ร่ำรวย แต่เมื่อเขาถูกดึงเข้าไปในสงครามระหว่างสองฝ่ายหลัก ได้แก่ Assassins และ Templars เขาก็เริ่มที่จะมีบทบาทสำคัญในสงครามนี้ ในเกมนี้ ผู้เล่นจะได้สัมผัสกับโลกของโจรสลัดที่กว้างใหญ่ โดยเฉพาะการเดินทางทางทะเลผ่านเรือที่ชื่อว่า "Jackdaw" เพื่อสำรวจเกาะต่าง ๆ และดำเนินภารกิจต่าง ๆ ทั้งการต่อสู้บนเรือ การปล้นเรือศัตรู การสำรวจและการล่าสมบัติ อีกทั้งยังมีการพัฒนาและสร้างเรือให้แข็งแกร่งขึ้น