Crisis Core: Final Fantasy VII  เล่าเรื่องราวก่อนเหตุการณ์ในเกม Final Fantasy VII โดยโฟกัสไปที่ตัวละคร Zack Fair ซึ่งเป็นนักรบระดับสูง (Soldier) ที่อยู่ใน Shinra Electric Power Company บริษัทที่ควบคุมพลังงาน Mako และเป็นผู้มีบทบาทสำคัญในเหตุการณ์ของ Final Fantasy VII  โดย Zack Fair เป็นนักรบระดับ 2nd Class ของ Soldier ซึ่งเป็นหน่วยที่ Shinra ใช้ในการปฏิบัติการต่างๆ เขามีความมุ่งมั่นและความฝันที่จะเป็นฮีโร่ หลังจากได้รับคำสั่งให้ทำภารกิจในเมือง Wutai เขาเริ่มสืบสวนและค้นพบเรื่องราวลึกซึ้งเกี่ยวกับการทดลองที่เกี่ยวข้องกับการใช้พลัง Mako และการสร้าง Jenova ซึ่งเป็นตัวร้ายที่สำคัญในจักรวาลของ Final Fantasy VII ในระหว่างการเดินทางของเขา เขาได้พบกับหลายตัวละครที่มีบทบาทสำคัญในภาคหลัก เช่น Cloud Strife (ตัวเอกของ FFVII), Aerith Gainsborough, และ Sephiroth (ศัตรูหลักของ FFVII) นอกจากนี้ยังมีการเปิดเผยเรื่องราวการทดลองที่เกิดขึ้นใน Soldier และความสัมพันธ์ระหว่าง Zack, Sephiroth และ Cloud