ตอนจบในเกม ถือเป็นสิ่งที่ทุกคนรอคอย  โดยเฉพาะในเกมที่มีความซับซ้อนอย่าง Chrono Trigger เกมนี้มีหลายตอนจบที่ให้ประสบการณ์ที่หลากหลายให้แก่ผู้เล่น แสดงถึงความสำเร็จและการสะท้อนถึงความสำคัญของการเดินทางในเกม

หลายครั้งที่ผู้เล่นอาจผิดหวังกับตอนจบที่มีเพียงการแสดงเครดิตและไม่มีอะไรเพิ่มเติม อย่างไรก็ตาม Chrono Trigger มอบตอนจบที่หลากหลายซึ่งตอบสนองความต้องการของผู้เล่นได้อย่างมาก

รายการตอนจบใน Chrono Trigger

1. ทีมฝัน: เริ่มเกมใหม่ในโหมด New Game + และเข้าตู้โทรศัพท์ที่ถูกต้องเพื่อสู้กับ Lavos
2. งานแต่งงาน: ต่อสู้กับ Lavos หลังจากช่วย Marle ในปี 600
3. Nu, Ribbit, และ Kilwala: สู้ Lavos ตั้งแต่การมาถึงที่ End of Time จนถึงการต่อสู้ที่ Zenan Bridge
4. Tata, ฮีโร่: เอาชนะ Lavos ตั้งแต่ช่วงที่ผ่าน Zenan Bridge ไปจนถึงรับ Hero Medal จาก Tata
5. ฉากปิดท้าย: เอาชนะ Lavos หลังจากได้ Masamune และ Hero Medal แต่ก่อนที่จะติดอยู่ใน 65,000,000 BC
6. ฉากนิ่ง: สู้ Lavos ตั้งแต่ได้รับ Gate Key จนถึงช่วงที่มี Frog ในทีม
7. Frog และ Magus: สู้ Lavos หลังจากที่ Frog เข้าร่วมทีมอีกครั้ง แต่ก่อนที่จะเอาชนะ Magus
8. Reptites!!!: สู้ Lavos หลังจากเอาชนะ Magus แต่ก่อนที่จะเอาชนะ Azala
9. การแก้แค้นของ Magus: เอาชนะ Lavos หลังจากเอาชนะ Azala แต่ก่อนที่จะเห็น Schala เปิดประตูที่ปิดผนึก
10. การสนทนาของสาวๆ: เอาชนะ Lavos หลังจากเห็น Schala เปิดประตูที่ปิดผนึกใน Zeal แต่ก่อนที่จะเปิดใช้งานจี้ของ Marle
11. Crono เสียชีวิต: เอาชนะ Lavos หลังจากที่ Crono เสียชีวิตและ Magus ก็เสียชีวิตด้วย
12. ตอนจบทางการ: เอาชนะ Lavos หลังจากที่ได้ Crono กลับมา โดยใช้ถังใน End of Time
13. คุณแพ้: แสดงให้เห็น Lavos ทำลายโลกเมื่อผู้เล่นแพ้