Super Robot Taisen EX มีการรวมตัวของตัวละครจากหลายอนิเมะหุ่นยนต์ที่คุ้นเคย โดยแต่ละตัวละครจะมีบทบาทและความสามารถที่แตกต่างกัน เกมนี้เป็นภาคที่มีกลิ่นอายของการต่อสู้ที่เป็นการรวมทีมของหุ่นยนต์จากหลากหลายจักรวาล ทั้งหุ่นยนต์จาก Mobile Suit Gundam, Mazinger Z, Getter Robo, Daitarn 3 และอื่นๆ เรื่องราวในภาคนี้เริ่มต้นจากการที่โลกอยู่ในภาวะวิกฤตจากการโจมตีของศัตรูที่ไม่สามารถคาดเดาได้ นักวิทยาศาสตร์และนักรบจากหุ่นยนต์หลายๆ จักรวาลต้องร่วมมือกันเพื่อปกป้องโลกจากภัยพิบัติที่กำลังคืบคลานเข้ามา โดยตัวละครหลักในเกมจะต้องทำภารกิจต่างๆ พร้อมกับจัดการปัญหาภายในที่เกี่ยวข้องกับการหักหลังและการทรยศระหว่างฝ่ายต่างๆ หนึ่งในจุดเด่นของ Super Robot Taisen EX คือการที่มีเนื้อเรื่องที่เข้มข้นและเต็มไปด้วยการพัฒนาเรื่องราวของตัวละคร รวมถึงการใช้กลยุทธ์ในการต่อสู้ที่เน้นการวางแผนที่ดี ซึ่งเป็นลักษณะของเกมในซีรีส์นี้