ระบบ Class Promotion (การเลื่อนขั้นคลาส) ใน Fire Emblem Three Houses มีลักษณะเฉพาะที่ทำให้ซับซ้อน แต่ก็ทำให้มีประสิทธิภาพสูง 

ความซับซ้อนของระบบ Class Promotion ระบบการเลื่อนขั้นคลาสในเกมนี้ไม่ได้ขึ้นอยู่กับระดับเลเวลเพียงอย่างเดียว แต่มีความซับซ้อนมากขึ้นเนื่องจากปัจจัยหลายอย่าง:

1. ข้อกำหนดในการเลื่อนขั้น: หน่วยต่างๆ จะต้องมี ระดับเลเวล ที่เพียงพอ (เช่น เลเวล 5 สำหรับคลาสระดับ Novato (พื้นฐาน), เลเวล 10, 20, และ 30 สำหรับขั้นที่สูงขึ้น) และต้องมี ระดับความชำนาญ (competence/rank) ในอาวุธหรือทักษะที่กำหนดสำหรับคลาสนั้นๆ (เช่น ดาบ, เวทมนตร์, การขี่ม้า, การบิน, เกราะหนัก)
2. การใช้ตราสัญลักษณ์ (Seals): การเลื่อนขั้นแต่ละครั้งจำเป็นต้องใช้ ตราสัญลักษณ์ เฉพาะระดับ เช่น Novice Seals สำหรับการเลื่อนขั้นครั้งแรกเมื่อถึงเลเวล 5 มีตราสัญลักษณ์พิเศษอย่าง Dark Seals สำหรับคลาส Mago Oscuro และ Obispo Oscuro ซึ่งต้องได้จากการเอาชนะ Caballero Sanguinarios และ Abyssal Seals สำหรับคลาส DLC ที่ได้จากการรับสมัครตัวละคร DLC หรือใช้แท่นบูชาใน Abismo
3. การสอบเลื่อนขั้นแบบสุ่ม: เมื่อมีข้อกำหนดครบถ้วนแล้ว จะต้องผ่าน การสอบวัดความถนัด (examen de aptitud) ซึ่งมี โอกาสสำเร็จเป็นเปอร์เซ็นต์ โอกาสขั้นต่ำที่สามารถทำการสอบได้คือ 30% ผลการสอบ (สำเร็จหรือไม่) จะถูกกำหนดไว้แล้วในแต่ละสัปดาห์ แต่หากไม่สำเร็จ สามารถรีสตาร์ทเกม (โดยกด L + R + บวก + ลบ พร้อมกัน) ก่อนที่จะสอบ เพื่อลองสอบคลาสอื่น หรือเพื่อไม่ให้เสียตราสัญลักษณ์ไปโดยเปล่าประโยชน์ (แม้ผลจะคงที่สำหรับคลาสเดิมในสัปดาห์นั้น แต่สามารถลองสอบคลาสอื่นได้ หรือลองใหม่ในสัปดาห์ถัดไป)
4. ทักษะ Mastery และค่าการเติบโต: แต่ละคลาสจะมี ทักษะ Mastery (Mastery skills) ที่จะได้รับเมื่อฝึกฝนคลาสนั้นๆ จนเชี่ยวชาญ ทักษะเหล่านี้มีประโยชน์มาก (เช่น เพิ่มค่าสถานะ, ได้ Combat Art เฉพาะ) โดยคลาสระดับเลเวล 10 มักจะให้ทักษะ Mastery ที่ดีที่สุด นอกจากนี้ คลาสที่เปลี่ยนไปยังมี ค่าการเติบโต (growths) ของตัวเองที่จะบวกเพิ่มเข้าไปในค่าการเติบโตพื้นฐานของตัวละครนั้นๆ
5. คลาสเฉพาะเพศและข้อยกเว้น: มีคลาสบางประเภทที่จำกัดเฉพาะเพศชายหรือหญิงเท่านั้น เช่น Aurigas (Pegasus Knight) สำหรับผู้หญิง และ Maestro Guerrero (War Master) สำหรับผู้ชาย อย่างไรก็ตาม ในโหมด New Game Plus (NG+) ตัวละคร Byleth สามารถ เรียนรู้ทักษะ Mastery ของคลาสทุกประเภท (รวมถึงคลาสเฉพาะเพศชาย/หญิง) ได้โดยใช้ Renown Points หากทักษะเหล่านั้นถูกเชี่ยวชาญแล้วในการเล่นรอบก่อนหน้า แต่ Byleth ก็ยังไม่สามารถเปลี่ยนไปใช้คลาสที่จำกัดเพศได้จริงๆ

ปัจจัยเหล่านี้ประกอบกันทำให้ระบบการเลื่อนขั้นคลาสมีความลึกและซับซ้อนมากขึ้นกว่าเกม Fire Emblem ภาคก่อนๆ

แนะนำเกี่ยวกับ Class ที่มีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในระดับความยาก Extremo (สุดขีด):

• คลาสที่มีค่าหลบหลีกสูง (High Evasion): แหล่งที่มาแนะนำให้เน้นใช้หน่วยที่มีค่าหลบหลีกสูง คลาสที่ให้ผลลัพธ์ดีในด้านนี้ ได้แก่ Espadachin (Swordmaster) (แม้ไม่ใช่คลาสขั้นสูงสุดแต่มีทักษะที่ดี), Auriga (Pegasus Knight) (คลาสเฉพาะผู้หญิง), และ Paladín Wyvern (Wyvern Rider/Lord)
• Magos (Mages): นักเวท (Mages) เป็นอีกกลุ่มที่มีประสิทธิภาพดี โดยเฉพาะคลาสสุดท้ายอย่าง Gremorio (Gremory) ซึ่งเป็นคลาสเฉพาะผู้หญิง และถูกกล่าวว่าเป็นคลาสที่ดีมาก
• Maestros Guerreros (War Masters): คลาสนี้ (เฉพาะผู้ชาย) ถูกระบุว่าทำงานได้ดีมาก ส่วนหนึ่งมาจากประสิทธิภาพของอาวุธประเภท Puños (Fists/Gauntlets) ซึ่งมีราคาถูก และมีคุณสมบัติ "Valor" ที่ทำให้โจมตีได้สองครั้งต่อเนื่อง (และสูงสุดถึง 4 ครั้งหากสามารถโจมตีซ้ำและสวนกลับได้)

คลาสเน้นป้องกัน (defensive classes) เช่น Caballero Bastión และ Jinete Pesado ซึ่งถูกมองว่า ไม่น่าสนใจหรือมีประโยชน์น้อยลง ใน Fire Emblem Three Houses เหตุผลส่วนหนึ่งคือ การมีอยู่ของ Batallions ที่สามารถลดค่าสถานะ หรือทำให้หน่วย Tank เสีย Effective ไปแม้จะทำดาเมจได้เพียง 1 ก็ตาม และ Poison Attack ของนักธนูในโหมด Extremo ที่สร้างความเสียหาย 10 จุดหลังการโจมตีเสมอ ไม่ว่าดาเมจจากการโจมตีหลักจะเป็นเท่าใดก็ตาม ทำให้หน่วยที่เน้นแต่การป้องกันอยู่รอดได้ยากขึ้นเมื่อถูกโจมตีด้วย Batallions หรือ Poison Attack