ใน Fire Emblem Gaiden เรื่องราวเกิดขึ้นในทวีปวาเลนเทีย (Valentia) ซึ่งถูกแบ่งออกเป็นสองอาณาจักรที่แตกต่างกัน ได้แก่ อาณาจักรที่มีการปกครองโดยจักรพรรดิแห่งแสง (Rigel) และอาณาจักรที่มีการปกครองโดยจักรพรรดิแห่งความมืด (Zofia) ซึ่งทั้งสองอาณาจักรกำลังเผชิญหน้ากับภัยคุกคามจากพลังมืดที่กำลังแผ่ขยายไปทั่วทวีป เรื่องราวติดตามตัวละครสองคนหลักคือ อัลม์ (Alm) และ เซลิกา (Celica) ทั้งสองมีพื้นฐานที่แตกต่างกัน แต่พวกเขามีเป้าหมายเดียวกันในการหยุดยั้งพลังที่กำลังจะทำลายโลกของพวกเขา ในระหว่างการเดินทาง ทั้งอัลม์และเซลิกาจะต้องเผชิญกับการตัดสินใจที่ยากลำบาก การเลือกทางเดินที่ต่างกัน และการปะทะกับศัตรูที่ทรงพลัง พวกเขาจะต้องเรียนรู้ความหมายของการต่อสู้และการเสียสละ พร้อมกับเผชิญหน้ากับความจริงที่ซ่อนเร้นในอดีตของทวีปวาเลนเทีย