RockMan X เกิดขึ้นในโลกอนาคตที่การพัฒนาโรบ็อตและหุ่นยนต์ได้ก้าวหน้าไปอย่างมาก โดยหุ่นยนต์ที่มีจิตสำนึกและความรู้สึกถูกสร้างขึ้นในชื่อ "Reploids" ซึ่งสามารถพัฒนาจิตใจและทักษะได้เหมือนมนุษย์ แต่ไม่ทั้งหมดที่เป็น Reploid สามารถควบคุมความสามารถของตัวเองได้ดี ในเกม RockMan X เราจะได้พบกับ X (เอ็กซ์) ตัวเอกของเกมที่เป็นหุ่นยนต์ที่ถูกสร้างขึ้นโดย Dr. Light (นักวิทยาศาสตร์ผู้เป็นผู้สร้าง RockMan ในภาคต้น) เพื่อที่จะมีความสามารถในการตัดสินใจอย่างอิสระด้วยจิตสำนึกของตัวเอง X จะต้องเผชิญหน้ากับการกบฏของกลุ่มหุ่นยนต์ที่เรียกว่า Mavericks ซึ่งถูกนำโดย Sigma หุ่นยนต์ที่เคยเป็นพันธมิตรกับ X แต่กลับหันมาทำลายล้างโลก