Illusion of Gaia เล่าเรื่องของ Will (วิลล์) เด็กหนุ่มที่อาศัยอยู่ในหมู่บ้านเล็ก ๆ ชื่อว่า South Cape ซึ่งเขามีความสามารถพิเศษที่มาจากการฝึกฝนโดยพ่อของเขา แม้ว่าจะไม่ได้มีความทรงจำเกี่ยวกับแม่ของเขา แต่วิลล์มีความสามารถในการเชื่อมต่อกับ Ancient Spirits (วิญญาณโบราณ) ซึ่งทำให้เขามีพลังพิเศษในการเปลี่ยนรูปร่าง และมีส่วนสำคัญในการต่อสู้กับภัยร้ายที่กำลังจะเกิดขึ้น เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อวิลล์ต้องออกเดินทางจากหมู่บ้านเพื่อสำรวจโลกและค้นหาความจริงเกี่ยวกับพลังของตัวเอง รวมถึงการค้นหาสาเหตุของการล่มสลายของอารยธรรมโบราณที่เคยรุ่งเรืองมาก่อน ในการเดินทางนี้ เขาจะได้พบกับเพื่อนร่วมทาง เช่น Erik (ชายหนุ่มที่มีพลังพิเศษในการควบคุมมังกร), Lilly (หญิงสาวที่เป็นเพื่อนของวิลล์), และ Gordos (ชายร่างใหญ่ที่เป็นเพื่อนในการเดินทาง) แต่ละคนจะช่วยวิลล์ในการต่อสู้และสนับสนุนเขาในการเดินทาง