Final Fantasy XIII เกิดขึ้นในโลกที่แบ่งออกเป็นสองภูมิภาคหลัก: Pulse และ Cocoon. Cocoon เป็นโลกที่ลอยอยู่ในอวกาศซึ่งได้รับการปกป้องจากการล่มสลายโดยพลังจาก Fal'Cie สิ่งมีชีวิตที่มีพลังอำนาจเหนือธรรมชาติ ซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้ควบคุมโลกนี้ ในขณะที่ Pulse คือโลกที่เต็มไปด้วยความเสี่ยงและอันตรายจากสัตว์อสูรต่างๆ และถูกมองว่าเป็น "โลกที่ต่ำต้อย" โดยคนใน Cocoon. เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Lightning (หรือ Claire Farron) หญิงสาวผู้แข็งแกร่งต้องต่อสู้กับชะตากรรมของตัวเอง หลังจากที่เธอถูกโยงเข้าไปในการต่อสู้ระหว่าง Cocoon และ Pulse เมื่อพี่สาวของเธอ, Serah Farron, ถูกทำให้กลายเป็น L'Cie (ผู้ที่ถูกสาปให้ทำภารกิจที่ไม่อาจหลีกเลี่ยงได้) โดยมีภารกิจที่ไม่รู้ว่าจะเป็นผลดีหรือร้าย. ภารกิจของพวกเขาคือการพยายามทำลายคำสาปของ Fal'Cie ที่ได้กำหนดชะตาของพวกเขา และหยุดยั้งการล่มสลายของ Cocoon ซึ่งอาจจะส่งผลกระทบใหญ่หลวงต่อโลกทั้งสอง.