เนื้อเรื่องของ Baldur's Gate 3 เริ่มต้นเมื่อผู้เล่นถูกจับตัวโดยฝูงปีศาจ Mind Flayers ซึ่งเป็นเผ่าพันธุ์ที่มีความสามารถในการควบคุมจิตใจของผู้อื่น ปีศาจเหล่านี้ได้ฝัง "ปรสิต" ไว้ในสมองของตัวละคร เพื่อใช้ควบคุมและเปลี่ยนแปลงร่างกายของผู้ที่โดนฝัง แต่เมื่อผู้เล่นตื่นขึ้นมา พบว่าตัวละครของตนมีพลังบางอย่างจากปรสิตที่ฝังอยู่ ซึ่งทำให้เขาหรือเธอต้องออกผจญภัยเพื่อหาทางกำจัดปรสิตนี้ และค้นหาคำตอบว่าใครคือผู้ที่อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์นี้ และทำไมมันถึงเกิดขึ้น ในระหว่างการผจญภัย ผู้เล่นจะได้พบกับตัวละครหลากหลายที่มีเชื้อชาติ พลังพิเศษ และบุคลิกภาพที่แตกต่างกัน ซึ่งสามารถเลือกเข้าร่วมและสร้างความสัมพันธ์กับตัวละครเหล่านี้ได้ ความสัมพันธ์และการตัดสินใจในระหว่างเกมอาจส่งผลต่อเนื้อเรื่องในอนาคต, ชีวิตของตัวละคร และเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นภายในโลกของเกม