หลังจากเหตุการณ์ในภาคก่อนหน้า Lightning ตื่นขึ้นมาในโลกที่กำลังจะถึงกาลอวสาน เธอได้รับภารกิจจากเทพเจ้าให้ช่วยเหลือผู้คนและชะลอเวลาแห่งความพินาศ โดยต้องเดินทางไปยังสถานที่ต่างๆ เพื่อทำภารกิจและเผชิญหน้ากับศัตรูที่ทรงพลัง