Batman: Arkham City เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ใน Arkham Asylum ที่ The Joker ถูกจับและสถานการณ์ในเมือง Gotham ยังเต็มไปด้วยความวุ่นวาย และในครั้งนี้ ผู้ก่อการร้ายและอาชญากรใน Gotham กลับมาอีกครั้งในรูปแบบใหม่

ภาคนี้เริ่มต้นด้วยการที่ Dr. Hugo Strange ผู้ซึ่งได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ดูแล Arkham City ซึ่งเป็นเขตแดนที่ล้อมรอบด้วยกำแพงสูงในเมือง Gotham ที่ใช้เป็นสถานที่กักขังอาชญากรและเหล่าวายร้ายจาก Arkham Asylum รวมถึงผู้ร้ายจากทั่วทั้งเมือง Gotham ทำให้สถานที่นี้กลายเป็นดินแดนของความอันตรายและการต่อสู้ระหว่างเหล่าวายร้ายและผู้ยากไร้

Batman ถูกจับและถูกขังใน Arkham City หลังจากที่เขาถูกใส่ร้ายโดย Hugo Strange แต่เขาก็สามารถหลบหนีและพยายามหาทางเปิดเผยแผนการร้ายของ Strange ที่เกี่ยวข้องกับ Project Titan และการเปิดเผยความลับที่ทำให้ทุกอย่างตกอยู่ในอันตราย

ในระหว่างที่ Batman พยายามค้นหาความจริงเกี่ยวกับแผนการของ Hugo Strange เขาต้องเผชิญกับการต่อสู้กับอาชญากรที่น่ากลัวจากโลกของเขา เช่น The Joker, Two-Face, Penguin, Riddler, Catwoman และ Ra's al Ghul ซึ่งแต่ละตัวละครมีแผนการและเป้าหมายของตัวเองในการควบคุม Arkham City หรือทำลาย Gotham City