Guardian's Crusade เกิดขึ้นในโลกแฟนตาซีที่มีการต่อสู้ระหว่างความดีและความชั่ว โดยผู้เล่นจะได้รับบทเป็น Mickey (หรือชื่ออื่นๆ ตามที่ผู้เล่นเลือก) ซึ่งเป็นเด็กหนุ่มธรรมดา ที่บังเอิญพบกับ Guardian หรือ "ผู้พิทักษ์" ที่มีรูปร่างคล้ายสัตว์ประหลาด เมื่อเขาพบกับ Guardian ซึ่งได้รับการปลุกจากการหลับใหลยาวนาน Guardian ได้กล่าวว่าเขาถูกสร้างขึ้นเพื่อปกป้องโลกจากภัยร้ายที่จะเกิดขึ้น แต่ทว่า Guardian กลับสูญเสียความทรงจำเกี่ยวกับการเป็นผู้พิทักษ์ที่มีภารกิจสำคัญ ซึ่งโลกกำลังเผชิญกับความมืดมิดจากการกลับมาของศัตรูที่ยิ่งใหญ่ที่หวังจะทำลายโลก พวกเขาจึงร่วมมือกันออกเดินทางเพื่อฟื้นฟูพลังและความทรงจำของ Guardian และหยุดยั้งภัยร้ายที่จะมาถึง